49人队于1946年作为全美橄榄球联合会的一员参加比赛，并于1950年加入由美国橄榄球联合会合并而成的NFL。

为了赞赏于1849年去旧金山东部内华达州参加淘金浪的冒险者的先锋精神，他们决定选用“49人”作为队名。

如今的49人与达拉斯牛仔和匹兹堡钢人一样，获得过5次超级碗冠军。49人队分别在1981赛季（第16届）、1984赛季（第19届）、1988赛季（第23届）、1989赛季（第24届）和1994赛季（第29届）的超级碗决赛上捧杯。

目前球队被丹尼斯·迪巴托罗·约克（Denise DeBartolo York）拥有，价值多达5.68亿美元。